アレルギー
一般によく知られているように、鶏卵は食物アレルギーの原因となる頻度が最も高い食品である。乳幼児によく見られるものの場合、主に卵白に含まれる蛋白質のうちのいくつかが強いアレルゲン活性を示すことが知られており、これらの活性は加熱によって多少軽減されることも知られている。卵を生のまま食べる形態となる卵かけご飯、特に栄養価として改善効果がより高いと思われる全卵を用いた卵かけご飯は鶏卵アレルギーを持つものにとって最も過酷な摂取条件となる。基本的に卵アレルギーは重篤な症状を示す傾向があり、この場合、卵かけご飯を食べることはできない。なお、鳥飼育歴のある女性を中心に、成人になってから鶏卵アレルギーを示すことが希にあるが、この場合、卵黄に含まれる蛋白質が主たる原因となっている。
実験的には、生の状態に近いアレルゲン活性を低減させた卵白が作られている。現在でも研究が進められている低アレルゲン性卵白の製造が可能になり、低アレルゲン化卵が実用化されれば、アレルギーの寛解を導く食品として卵かけご飯を利用するようになる可能性はあるかもしれない。
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米も食物アレルギーの原因となる事が知られている食品の一つであり、アレルゲンは糠の部分に含まれている事がわかっている。程度にもよるが、米アレルギーの症状が軽い場合、無洗米あるいは低アレルゲンをうたった米ならば摂取可能な場合がある。
通常の醤油は、アレルギー源となる事で知られる大豆あるいは小麦を原料として使用しており、これらに対してアレルギーを起こす事がある。この場合、ゴマ、アワ、ヒエあるいはキビといった雑穀を原料とした醤油を使う事で、アレルギー症状の発現を抑えられる場合がある。